Badan Ketahanan Pangan Daerah Provinsi Sulawesi Selatan ditunjuk selaku Otoritas Keamanan Pangan Daerah Provinsi Sulawesi Selatan dengan Surat Gubernur Sulawesi Selatan Nomor 521.231/2853/SET Tanggal 2 Juli 2004, sebagai tindak lanjut dari Surat Edaran Menteri Pertanian Nomor 04/SR.220C/M/1/2004 tanggal 9 Januari 2004 kepada para Gubernur tentang penunjukan Otoritas Kompeten Keamanan Pangan di daerah.
Seiring berjalannya waktu maka OKKPD Sulsel kemudian menjadi Unit Pelaksana Teknis dari Badan Ketahanan Pangan Daerah (UPTB-BKPD) melalui Peraturan Gubernur Sulawesi Selatan Nomor 96 Tahun 2009 Tanggal 06 Mei 2009 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Badan (UPTB) Otoritas Kompeten Keamanan Pangan Daerah (OKKPD) Pada Badan Ketahanan Daerah Propinsi Sulawesi Selatan
UPTB-OKKPD Provinsi Sulawesi Selatan memiliki lingkup pelayanan sertifikasi Prima 3 dan Prima 2 untuk produk pertanian segar, pendaftaran Pangan Segar Asal Tumbuhan (PSAT) yang beredar di dalam Negeri, rekomendasi keamanan pangan untuk produk yang akan diekspor, registrasi packing house, sertifikasi Good Manufacturing Practices (GMP), dan sertifikasi Good Handling Practices (GHP). Pelayanan tersebut dilakukan sebagai upaya menjamin mutu pangan hasil pertanian dan melindungi masyarakat dari peredaran pangan segar hasil pertanian yang tidak memenuhi persyaratan keamanan pangan.
Dengan adanya reorganisasi Organisasi Perangkat Daerah (OPD) di Provinsi Sulawesi Selatan, dimana BKPD merger dengan Dinas Pertanian Tanaman Pangan dan Hortikultura menjadi Dinas Ketahanan Pangan, Tanaman Pangan dan Hortikultutra (DKPTPH) Provinsi Sulawesi Selatan maka Tugas dan Fungsi OKKPD diatur kembali melalui Peraturan Gubernur Sulawesi Selatan Nomor 26 Tahun 2017 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Tenis (UPTD-OKKPD) pada Dinas Ketahanan Pangan, Tanaman Pangan dan Hortikultura Provinsi Sulawesi Selatan sebagai instansi pemerintah dengan mandate melakukan pengawasan mutu dan keamanan pangan produk pangan segar asal tumbuhan (PSAT) dan menjalankan fungsinya sebagai lembaga sertifikasi produk seecara telah memperoleh status verifikasi dari OKKP Pusat dan secara hokum bertanggung jawab atas seluruh kegiatan sesuai ruang lingkupnya.
Selanjutnya sesuai dengan Perturan Gubernur Sulawesi Selatan Nomor 24 Tahun 2018 maka nomenklatur lembaga berubah menjadi Unit Pelaksana Teknis Dinas Balai Pengawasan Mutu dan Keamanan Pangan (UPTD-BPMKP) pada Dinas Ketahanan Pangan, Tanaman Pangan dan Hortikultura dengan tugas dan fungsi yang sama selaku OKKPD
Sebagai respon terhadap tuntutan perkembangan zaman, dan menyikapi kebutuhan klien maka pada pada Tahun 2019, Lembaga UPTD-BPMKP sudah melakukan proses untuk penambahan ruang lingkup menjadi Lembagai Penilai Kesesuaian untuk Pertanian Organik
